Ειδικότερα, από τον Ιανουάριο του 2006 τίθεται σε ισχύ η αναθεωρημένη Κοινή Γεωργική Πολιτική, η οποία προβλέπει την αποσύνδεση του 65% των ενισχύσεων από την παραγωγή και την άμεση καταβολή στους βαμβακοπαραγωγούς ανά ενιαία στρεμματική εκμετάλλευση. Το υπόλοιπο 35% θα παραμείνει ως έμμεση ενίσχυση μέσω των εκκοκκιστηρίων. Η εξέλιξη αυτή προκαλεί ανησυχία στις επιχειρήσεις του κλάδου, καθώς προβλέπεται ότι θα υπάρξει μείωση της εγχώριας παραγωγής σύσπορου βάμβακος. Σύμφωνα με τα στοιχεία του ΟΠΕΚΕΠΕ, η εγχώρια παραγωγή εκκοκκισμένου βάμβακος ακολούθησε πτωτική πορεία το χρονικό διάστημα 2000-2003 με μέσο ετήσιο ρυθμό μείωσης 6,2%, ενώ το 2004 εμφάνισε σημαντική άνοδο κατά 17% περίπου. Η εγχώρια φαινομενική κατανάλωση εμφανίζει σημαντικές διακυμάνσεις οι οποίες οφείλονται κατά κύριο λόγο στις μεταβολές του μεγέθους των εξαγωγών. Το ύψος των εξαγωγών κάθε έτους επηρεάζεται σε μεγάλο βαθμό από την εξέλιξη της τιμής στη διεθνή αγορά, βάσει της οποίας αυξάνονται ή μειώνονται τα αποθέματα των επιχειρήσεων. Η τιμή του εκκοκκισμένου βάμβακος διαμορφώνεται στα διεθνή χρηματιστήρια και εμφανίζει σημαντικές διακυμάνσεις. Όσον αφορά την εγχώρια αγορά, η ζήτηση του εκκοκκισμένου βάμβακος προέρχεται σχεδόν αποκλειστικά από τον κλάδο της νηματουργίας. Τα βαμβακερά νήματα καλύπτουν το 75%-80% της εγχώριας παραγωγής νημάτων. Ωστόσο, η πορεία της νηματουργίας και της κλωστοϋφαντουργίας εν γένει στην Ελλάδα είναι αρνητική τα τελευταία χρόνια, λόγω του έντονου ανταγωνισμού τον οποίο δέχεται από προϊόντα τρίτων χωρών χαμηλού κόστους. Σύμφωνα με προβλέψεις παραγόντων του κλάδου, το 2005/06 αναμένεται μικρή μείωση στο μέγεθος παραγωγής εκκοκκισμένου βάμβακος. Η κρίση της εγχώριας κλωστοϋφαντουργίας στρέφει περισσότερο το ενδιαφέρον των επιχειρήσεων εκκόκκισης προς τις αγορές του εξωτερικού. Οι ελληνικές επιχειρήσεις μπορούν να αντιμετωπίσουν το διεθνή ανταγωνισμό, με υψηλής ποιότητας εκκοκκισμένο βαμβάκι, πράγμα το οποίο προϋποθέτει την πραγματοποίηση επενδύσεων εκσυγχρονισμού των παραγωγικών εγκαταστάσεων, με συνέπεια στις παραδόσεις, με διατήρηση των υφιστάμενων και δημιουργία νέων εμπορικών σχέσεων και δικτύων. Σημειώνεται ότι ο κλάδος της εκκόκκισης βάμβακος έχει ιδιαίτερη σημασία για την οικονομία της χώρας μας. Το βαμβάκι αποτελεί το κυριότερο φυτό μεγάλης καλλιέργειας στην Ελλάδα με τον αριθμό των παραγωγών να ανέρχεται στους 80.000, ενώ απορροφά το 25% περίπου των συνολικών κοινοτικών ενισχύσεων. Η Ελλάδα αποτελεί τη μεγαλύτερη παραγωγική χώρα στην ΕΕ και την τέταρτη μεγαλύτερη εξαγωγική χώρα εκκοκκισμένου βάμβακος στον κόσμο, μετά τις ΗΠΑ, το Ουζμπεκιστάν και την Αυστραλία. Η Τουρκία απορροφά το μεγαλύτερο μέρος των ελληνικών εξαγωγών.