Υπάρχει, όμως, και η ιστορική διάσταση. Και αυτή είναι σε μεγάλο βαθμό προβληματική, όπως έχουν αναδείξει και επιστήμονες που έχουν σχολιάσει την ταινία με παρεμβάσεις και άρθρα τους.
Ο Ιωάννης Καποδίστριας παρουσιάζεται, μεταξύ άλλων, ως ευεργέτης της Ελβετίας, ως διασώστης της Γαλλίας και ως διπλωμάτης που, με δύο προτάσεις, μπορούσε να «τουμπάρει» τους πιο σκληροπυρηνικούς της εποχής. Παράλληλα, αποδίδεται σε αυτόν η ενθάρρυνση της δράσης της Φιλικής Εταιρείας, ενώ η δολοφονία του εμφανίζεται ως προϊόν συνωμοσίας του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου και των Άγγλων — κάτι που δεν τεκμηριώνεται από την ιστοριογραφία. Αυτά τα γεγονότα παρουσιάζονται υπερβολικά απλουστευμένα και δεν έχουν ιδιαίτερη σχέση με την πραγματική δράση του Ιωάννη Καποδίστρια. Ακούγεται ακόμη και ο εθνικός ύμνος του Διονύσιου Σολωμού, ο οποίος βέβαια τότε δεν υπήρχε, αν και επ’ αυτού ο Γιάννης Σμαραγδής δήλωσε πως αυτή η ιστορική παρατυπία έγινε εν γνώσει του (Σημείωση: Οι στίχοι του Εθνικού Ύμνου είχαν γραφτεί αρχικά ως ποίημα το 1823. Η μελοποίησή τους, ωστόσο, πραγματοποιήθηκε αργότερα, το 1865, από τον Νικόλαο Μάντζαρο).
Επιπλέον, η προσέγγιση της ταινίας βλέπει τα πράγματα με όρους «μαύρο-άσπρο». Ο Ιωάννης Καποδίστριας συμβολίζει αποκλειστικά το καλό και παρουσιάζεται σχεδόν όπως ο Ιησούς στη Βίβλο. Οι αντίπαλοί του – είτε ο Αυστριακός Υπουργός Εξωτερικών Κλέμενς φον Μέτερνιχ και οι Άγγλοι, είτε οι ανταγωνιστές του εντός Ελλάδας – είναι το κακό. Ταυτόχρονα, η Ρωσία προβάλλεται ως η δύναμη που κατανοεί και εκτιμά τη θέση και το ήθος του Κερκυραίου, μια λεπτομέρεια που δημιουργεί και παραλληλισμούς με τη σημερινή θέση της χώρας στο διπλωματικό τοπίο.
Επίσης, η εικόνα του Μέτερνιχ να ασχολείται διαρκώς με τον Καποδίστρια και τη χώρα μας αποτελεί προϊόν εθνοκεντρισμού, δηλαδή της πεποίθησης ότι όλος ο κόσμος περιστρέφεται γύρω από τη χώρα μας και ότι σκοτεινές δυνάμεις δεν αφήνουν τους «καλούς» και «ηθικούς» ηγέτες να διαπρέψουν. Προφανώς, ο Αυστριακός δεν θεωρούνταν φιλέλληνας. Ωστόσο η εικόνα ότι «έσπαγε όλη μέρα το κεφάλι του» για να εξοντώσει τον Κερκυραίο διπλωμάτη φαντάζει υπερβολική.
Φυσικά, ο «Καποδίστριας» δεν είναι η πρώτη και πιθανότατα δεν θα είναι η τελευταία ταινία που αναδεικνύει με άτσαλο τρόπο ιστορικά πρόσωπα και καταστάσεις.
Σε γενικές γραμμές, λοιπόν, η μορφή του Ιωάννη Καποδίστρια, του οποίου η καθοριστική συνδρομή στη συγκρότηση του σύγχρονου ελληνικού κράτους πρέπει να αναγνωρίζεται, παρουσιάζεται αγιοποιημένη, χωρίς να καταβάλλεται ουσιαστική προσπάθεια ανάδειξης των αδυναμιών και των λαθών του, τα οποία άλλωστε χαρακτήρισαν όλους τους μεγάλους ιστορικούς ηγέτες. Το αποτέλεσμα είναι η εικόνα του, με βάση την ταινία, να εμφανίζεται στην καλύτερη περίπτωση ημιτελής.
