Λίγη ώρα μετά την απογείωση, συνέβη ταχεία αποσυμπίεση της καμπίνας, η οποία προκάλεσε τη λιποθυμία επιβατών και πληρώματος. Το αεροσκάφος πετούσε με αυτόματο πιλότο και με όλους τους επιβαίνοντες να έχουν χάσει τις αισθήσεις τους εκτός από τον αεροσυνοδό Ανδρέα Προδρόμου που έκανε προσπάθειες να αναλάβει τον έλεγχο του.
Από τη στιγμή που δεν υπήρξε επικοινωνία του αεροσκάφους με τον πύργο ελέγχου του αεροδρομίου Ελευθέριος Βενιζέλος μαχητικά F-16 απογειώθηκαν προκειμένου να δουν από κοντά τι συμβαίνει και να συνοδεύσουν το αεροπλάνο.
09:07: Η πτήση HCY 522 των Κυπριακών αερογραμμών Helios Airways αναχωρεί από τη Λάρνακα με προορισμό την Πράγα.
09:37: Εισήλθε στο FIR Αθηνών, όπου έγινε αυτομάτως η ταυτοποίηση του αεροσκάφους στο ραντάρ της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας της Ελλάδας.
10:07: Ο Πύργος Ελέγχου του αεροδρομίου «Ελ. Βενιζέλος» επιχείρησε να επικοινωνήσει με το αεροσκάφος για να αρχίσει η διαδικασία καθόδου, χωρίς να υπάρξει ανταπόκριση. Ο Πύργος Ελέγχου συνέχισε τις επανειλημμένες κλήσεις και στη συχνότητα κινδύνου, χωρίς να καταστεί δυνατή η επικοινωνία.
10:20: Ο ελεγκτής της εναερίου κυκλοφορίας της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας (ΥΠΑ) τηλεφώνησε στο αεροδρόμιο Λάρνακας, απ’ όπου ενημερώθηκε ότι είχε αναφερθεί πρόβλημα στο σύστημα κλιματισμού του αεροσκάφους. Λίγα λεπτά αργότερα, το αεροσκάφος χωρίς να επικοινωνεί, άρχισε να κάνει δεξιόστροφους κύκλους γύρω από την περιοχή Κέας, Κύθνου.
10:30: Αεροσκάφη της πολεμικής αεροπορίας τίθενται σε ετοιμότητα
11:05: Απογειώθηκαν από την Νέα Αγχίαλο δύο μαχητικά F-16 τα οποία ήρθαν σε οπτική επαφή με το αεροπλάνο.
11:25: Οι πιλότοι των F-16 πλησιάζουν σε κοντινή απόσταση. Ο χειριστής του πρώτου F-16 διαπίστωσε ότι ο συγκυβερνήτης ήταν πεσμένος στο πιλοτήριο, ίσως λιπόθυμος, ενώ ο κυβερνήτης δε βρισκόταν στη θέση του. Στην οπτική επαφή τους, οι χειριστές των πολεμικών αεροσκαφών διαπίστωσαν ότι οι μάσκες οξυγόνου στην καμπίνα του αεροσκάφους ήταν ενεργοποιημένες
11:41: Οι πιλότοι των μαχητικών είδαν έναν άνθρωπο να προσπαθεί να πάρει τον έλεγχο του αεροπλάνου.
11:50: Τα καύσιμα του αεροπλάνου τελείωσαν, σταμάτησε ο αριστερός
12:00: Σταμάτησε και ο δεξιός κινητήρας
12:05: Το αεροσκάφος συνετρίβη στην ορεινή περιοχή του Γραμματικού
Σύμφωνα με το πόρισμα για την αιτία της συντριβής, το πρόβλημα στο αεροσκάφος προκλήθηκε από απότομη αποσυμπίεση του εσωτερικού του αεροπλάνου.
Στα ενεργά αίτια συγκαταλέγεται και η παραμονή του διακόπτη συμπίεσης του αεροσκάφους στη χειροκίνητη ρύθμιση κατά τον έλεγχο πριν από την πτήση.
Αυτό είχε ως επακόλουθο να μειώνονται όσο περνούσε η ώρα τα επίπεδα της ατμοσφαιρικής πίεσης και κατ’ επέκταση τα επίπεδα του οξυγόνου στο εσωτερικό του αεροπλάνου.
Οι δίκες σε Κύπρο και Ελλάδα
Η δίκη πέντε στελεχών της εταιρείας με τις κατηγορίες της ανθρωποκτονίας και της πρόκλησης θανάτου λόγω αλόγιστης, απερίσκεπτης ή επικίνδυνης πράξης, ξεκίνησε στη Λευκωσία στις 17 Σεπτεμβρίου του 2009, ενώ στις 18 Φεβρουαρίου του 2013, το Κακουργιοδικείο Λευκωσίας απάλλαξε του κατηγορούμενους από όλες τις κατηγορίες, αφού έκρινε ότι το κατηγορητήριο ήταν «ατεκμηρίωτο» και ότι δεν υπήρχε μαρτυρία, που να τους συνδέει με την τραγωδία.
Επίσης, ο τότε Γενικός Εισαγγελέας έκρινε ότι θα έπρεπε να ανασταλεί η δίωξη, για όλους τους κατηγορουμένους, επικαλούμενος ανυπέρβλητες δυσκολίες στην προώθηση της υπόθεσης.
Κατηγορούμενοι ήταν ο Εκτελεστικός Πρόεδρος της «Ήλιος», Ανδρέας Δράκος, ο Διευθύνων Σύμβουλος της ίδιας εταιρείας, Δημήτρης Πανταζής, καθώς και ο Διευθυντής Πτήσεων, Γιώργος Κικκίδης, και ο βουλγαρικής καταγωγής αρχιπιλότος της εταιρείας, Γιάνκο Στοϊμένοφ.
Στο μεταξύ, το Πρωτοδικείο Αθηνών έκρινε ένοχους χωρίς ελαφρυντικά ους Δημήτρη Πανταζή, Γιώργο Κικκίδη, Ιάνκο Στοιμένοβ και Άλαν Ίργουιν, όλοι στελέχη της εταιρείας «Ήλιος», για τη συντριβή του αεροσκάφους.
Το Τριμελές Πλημμελειοδικείο επέβαλε καταδίκη ενός χρόνου για κάθε απώλεια ζωής, συν τρία χρόνια ποινή βάσης, που αφορούσε στην ενοχή τους, για ανθρωποκτονία εξ αμελείας. Η συνολική ποινή των στελεχών της εταιρίας ήταν 124 χρόνια.
Το Φεβρουάριο του 2013 το Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων επέβαλε δεκαετείς ποινές φυλάκισης, εξαγοράσιμες έναντι 80 χιλιάδων ευρώ έκαστη, σε τρεις από τους τέσσερις κατηγορούμενους, οι οποίοι αφού πλήρωσαν αφέθηκαν ελεύθεροι.
