Σύμφωνα με το σκεπτικό της απόφασης, η λίμνη Καϊάφα εντάσσεται στο δίκτυο Natura 2000 και αποτελεί Τόπο Κοινοτικής Σημασίας. Ως εκ τούτου, η χάραξη της Ιονίας οδού μέσα από την περιοχή, θα έχει σημαντικές επιπτώσεις στο οικοσύστημα της λίμνης. Τέλος, το ΣτΕ έλαβε υπόψη του και την προειδοποιητική επιστολή της Ευρωπαϊκής Επιτροπής η οποία έκανε ιδιαίτερη αναφορά στις σημαντικές επιπτώσεις του έργου κατασκευής της Ιονίας Οδού στο περιβάλλον της περιοχής.