​Η μελέτη για την ανέγερση του Μουσείου, προκειμένου να στεγάσει τον σημαντικότατο αρχαιολογικό πλούτο της πόλης του Ρεθύμνου και της ευρύτερης περιοχής, προϋπολογισμού 2.922.256,15 €, ήδη εκπονείται στο πλαίσιο Προγραμματικής Σύμβασης Πολιτισμικής Ανάπτυξης, που έχει υπογραφεί μεταξύ του Υπουργείου Πολιτισμού, της Περιφέρειας Κρήτης και του Δήμου Ρεθύμνης.