Ο Μουρακάμι γεννήθηκε στο Κιότο το 1949 αλλά πέρασε το μεγαλύτερο μέρος της νιότης του στο Κόμπε. Ο πατέρας του ήταν γιος Βουδιστή ιερέα. Η μητέρα του ήταν κόρη εμπόρου από την Οσάκα. Και οι δύο δίδασκαν Ιαπωνική λογοτεχνία.